Začněme hned u těch nejjednodušších. Jako každé jiné zvíře i klíšťata trpí nejrůznějšími chorobami. Jsou napadáni celou řadou mikroorganizmů, bakteriemi začínaje, kvasinkami a houbami konče. Klíšťata napadají také některé 

druhy prvoků a červů, které pronikají do jejich útrob, množí se a klíšťata zahubí. Na obrázku vpravo můžete vidět klíště napadené houbou druhu Metarhizium anisopliae. Ta je velice nadějným kandidátem pro biologickou kontrolu přemnožení klíšťat.

Další skupinou přirozených nepřátel klíšťat jsou zástupci hmyzu. Obzvláště zranitelná jsou napitá klíšťata, která odpadla z hostitele a chystají se metamorfovat nebo snášet vajíčka. Ta patří na jídelníček mnoha zástupců této rozsáhlé živočišné říše. Jsou to např. mravenci, draví brouci, pavouci - hlavně skákavky, ale také létavý hmyz jako jsou nejrůznější druhy dravých vážek, much nebo vos. Na obrázku nahoře můžete vidět klíště napadené dvěma mravenci, které nejspíše skončí v mravenčí spíži

Ze zástupců létavého blanokřídlého hmyzu je to drobná a nenápadná vosička patřící do rodu Ixodiphagus (druh Ixodiphagus hookeri na obrázku) Ta je obzvláště nebezpečným nepřítelem klíšťat. Tato, jen několik milimetrů velká vosička, klade svá vajíčka do larev klíšťat, které se tak stávají potravou pro vylíhnuté vosí larvy.

Klíšťata mají nepřátele i mezi obojživelníky a plazy. Stávají se kořistí hlavně žab a ještěrek, a to při číhání na hostitele nebo po odpadnutí z něho na zem.

Další početnou armádou nepřátel klíšťat jsou ptáci. Patří sem většina hrabavých ptáků. Ačkoliv se v zahraničí za nejaktivnější považuje perlička kropenatá, u nás jsou to hlavně slepice, bažanti, koroptve a další hrabaví ptáci. Pravdou je, že ptáci sezobnou hlavně větší napitá klíšťata, tedy nymfy a dospělce. 

Ptáci velice často likvidují klíšťata také přímo přisátá na větším dobytku. Tak např. velice pohledný africký pták klubák žlutozobý sezobe denně až několik stovek klíšťat ze hřbetu buvolů (na obrázku). Podobně výkonný čistič je i volavka rusohlavá a další druhy ptáků s podobným způsobem obživy. Klíšťata mají nepřátele i mezi savci. Jsou to hlavně drobní hlodavci, kteří v rámci sebečistění a čištění se navzájem si přisátá klíšťata vykusují. U savců však nesmíme zapomenout na největšího nepřítele klíšťat, tím není nikdo jiný než člověk.